La Institució s’hi defineix com una societat científica, filial de l’IEC, que es proposa promoure l’estudi i la divulgació dels coneixements referents als éssers i els sistemes naturals. Té socis numeraris, honoraris, emèrits, corporatius i adherits. És regida per l’Assemblea General, que es reuneix almenys un cop a l’any i per un consell directiu de sis membres com a mínim (president, vicepresident, secretari, tresorer i almenys dos vocals, un dels quals ha de fer les funcions de vicesecretari, encara que els Estatuts no en precisen el nombre, per tal de facilitar per la via del reglament intern una adaptació a les circumstàncies canviants de les activitats de la Institució).
Dins la Institució es poden constituir seccions, comissions o equips de treball, ja sigui per iniciativa del mateix Consell Directiu o d’un grup de socis que vulgui dur a terme una activitat determinada. D’altra banda, i amb l’objectiu d’incrementar la presència territorial de la Institució i d’acostar als membres les activitats i les possibilitats de participació, la Institució fomenta la creació de delegacions i dóna suport a les seves activitats; aquest és el cas de la delegació del Bages.
Actualment les activitats principals fan referència a l’organització de cicles de sessions científiques, jornades i seminaris tècnics i cursos naturalistes. També s’hi desenvolupen diverses activitats conjuntament amb altres entitats de caire naturalista i tasques d’assessorament a les institucions. Més recentment, s’han començat a desenvolupar diversos projectes relacionats amb la promoció de la recerca i la seva aplicació a la gestió i la conservació dels sistemes naturals.
Anualment es publica el Butlletí de la Institució Catalana d’Història Natural, que recull articles científics relacionats amb l’estudi dels organismes i dels sistemes naturals i la seva conservació. De manera no tan periòdica, també es publiquen treballs de recerca de caire més monogràfic en les col·leccions «Memòries i Treballs». La difusió dels treballs es realitza aprofitant les noves tecnologies de la informació.