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La Institución se define como una sociedad científica, filial del IEC, que se propone promover el estudio y la divulgación de los conocimientos referentes a los seres y sistemas naturales. Tiene socios numerarios, honorarios, eméritos, corporativos y adheridos. Está regida por la Asamblea General, que se reúne al menos una vez al año y por un consejo directivo de seis miembros como mínimo (presidente, vicepresidente, secretario, tesorero y al menos dos vocales, uno de los cuales debe realizar las funciones de vicesecretario, aunque los Estatutos no precisan su número, a fin de facilitar por la vía del reglamento interno una adaptación a las circunstancias cambiantes de las actividades de la Institución).
Dentro de la Institución se pueden constituir secciones, comisiones o equipos de trabajo, ya sea por iniciativa del propio Consejo Directivo o de un grupo de socios que desee llevar a cabo una actividad determinada. Por otra parte, y con el objetivo de incrementar la presencia territorial de la Institución y acercar a los miembros las actividades y las posibilidades de participación, la Institución fomenta la creación de delegaciones y apoya sus actividades; éste es el caso de la delegación del Bages.
Actualmente las principales actividades hacen referencia a la organización de ciclos de sesiones científicas, jornadas y seminarios técnicos y cursos naturalistas. También se desarrollan diversas actividades conjuntamente con otras entidades de carácter naturalista y labores de asesoramiento a las instituciones. Más recientemente, se han empezado a desarrollar varios proyectos relacionados con la promoción de la investigación y su aplicación a la gestión y conservación de los sistemas naturales.
Anualmente se publica el Boletín de la Institución Catalana de Historia Natural, que recoge artículos científicos relacionados con el estudio de los organismos y sistemas naturales y su conservación. De forma no tan periódica, también se publican trabajos de búsqueda de carácter más monográfico en las colecciones «Memorias y Trabajos». La difusión de los trabajos se realiza aprovechando las nuevas tecnologías de la información.