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El antiguo Jardín Botánico nació en el marco de la transformación urbanística llevada a cabo con motivo de la Exposición Internacional de 1929. Si para la exposición Universal de Barcelona de 1888 la ciudad ganó el gran parque urbano de la Ciudadela, la muestra de 1929 fue la oportunidad para redescubrir Montjuïc.
La construcción del Jardín Botánico se encargó al doctor Pius Font i Quer, que fue el artífice de la reunión de la colección de plantas y especies que aún hoy en día sobreviven y conforman un conjunto de plantas y árboles de gran valor . Como investigador y botánico, el propio Pío Font Quer obtuvo estas especies en el transcurso de sus salidas científicas para la Península y el norte de África.
Este periodo supuso para Barcelona y sus espacios verdes la introducción de nuevas especies que encontramos en el recorrido por este jardín y que ya son habituales en el paisaje de la ciudad para que se extienden en muchos de sus espacios verdes. Sirvan como ejemplos de estas especies perfectamente integradas las tipuanas (Tipuana tipu), las jacarandas (Jacaranda mimosifolia) o el ombú o ombú (Phytolacca dioica). Un arbolado que ya es parte del patrimonio vegetal de Barcelona. Algunos ejemplares están en el Catálogo de Árboles de Interés Local como un alcanforero, un fresno de hoja estrecha, un fresno de Pensilvania, i una noguera con alas.
Actualmente este Jardín está gestionado por la Mancomunidad de Municipios del Área Metropolitana de Barcelona.