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El Instituto pertenece al área de Recursos Naturales del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y es el mayor centro de investigación marina de España y uno de los más importantes de la región Mediterránea. Se dedica íntegramente al estudio de mares y océanos.
Su investigación busca profundizar y avanzar en el conocimiento científico y averiguar qué papel desempeñan los océanos en el contexto del planeta. Una larga experiencia y un equipo humano formado por más de 200 especialistas en los diferentes aspectos de la investigación oceanográfica (física, química, geología y biología), le otorgan una visión global del ecosistema marino, así como capacidad para valorar los cambios y el impacto humano sobre este medio y buscar soluciones.
Se divide en cuatro departamentos:

1. Biología Marina y Oceanografía
2. Geociencias Marinas
3. Oceanografía Física y Tecnológica
4. Recursos Marinos Renovables

Por otro lado, el ICM potencia la ciencia ciudadana con su proyecto de Observadores del Mar y colaborando con Natusfera .